UPT BPMPT semula merupakan unit laboratorium pakan dari UPT Balai Pembibitan Ternak dan Hijauan Makanan Ternak Cisarua. Kemudian dipindahkan lokasinya dari Cisarua ke Kota Bekasi di bawah binaan Direktur Bina Produksi Peternakan yang kemudian menjadi Loka Pengujian Mutu Pakan (LPMP) (KEPMENTAN No.465/Kpts/OT.210/6/94).

Pada tahun 1998 lokasi LPMP dipindahkan ke Desa Burangkeng, Kecamatan Setu, Kabupaten Bekasi, karena terjadinya tukar guling (ruislag) yang dilakukan oleh Dinas Peternakan Provinsi Jawa Barat.

Semula terdiri dari satu bangunan kantor bercampur laboratorium seluas 200 m2 dan 3 unit rumah dinas dengan luas tanah 500 m2. Pada tahun 1999-2000 LPMP mendapat dana bantuan JBIC berkaitan dengan proyek RRMC (Rural Rearing and Multiplication Center).

Pada tahun 2001, LPMP berubah menjadi Balai Pengujian Mutu Pakan Ternak (eselon IIIA) dengan KEPMENTAN No.458/Kpts/OT.210/8/2001 dan telah dilakukan perubahan dengan Permentan No. 65/Kpts/OT.210/8/2006 yang merupakan UPT Direktorat Jenderal Peternakan Departemen Pertanian yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Direktur Budidaya Ternak Non Ruminansia.

Pengesahan Balai sebagai Balai Pengujian Mutu Pakan Ternak telah ditandatangani pada tanggal 20 Agustus 2001 di Jakarta oleh Menteri Pertanian Bapak Prof.Dr. Ir. Bungaran Saragih,M.Ec. pada saat itu.